Приборный парк ЦКП "Наноструктуры" основан на оборудовании, разработанном и изготовленном фирмами, являющимися признанными мировыми лидерами в области вакуумного приборостроения, имеет 100% сертификацию на соответствие. Общее количество помещений ЦКП – 19, общая площадь ~610 м2. Прецизионное оборудование установлено в специальных "чистых комнатах" (10 комнат) термостатированного корпуса ИФП СО РАН, удовлетворяющие требованиям ГОСТ Р ИСО/МЭК 17025-2000 "Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий", нормативным требованиям для проведения аналитических работ, включая требования ведущих зарубежных фирм, поставляющих аналитическое оборудование. Данные комнаты оснащены системой принудительного воздушного кондиционирования с кратностью воздухообмена 10, системой вакуумных магистралей, газовых трубопроводов (азот, аргон, гелий и воздух), централизованной подачей дистиллированной воды и высокостабилизированного электроснабжения, а также системами высокоэффективной химической вытяжки для работы с вредными химикатами. Кроме того, ЦКП имеет доступ к информационным базам данных через телекоммуникационные сети.